Huyện Mê Linh hiện có ba khu công nghiệp (KCN) gồm: KCN Quang Minh I, II và KCN Kim Hoa. Trong đó, hai KCN Quang Minh I và II đã đi vào hoạt động và thu hút được nhiều doanh nghiệp đầu tư. KCN Quang Minh I có diện tích 408 ha, đến nay tỷ lệ lấp đầy đã đạt 80%, thu hút 154 dự án, trong đó có 47 dự án đầu tư nước ngoài, tổng vốn đầu tư 5.060 tỷ đồng và gần 300 triệu USD. KCN Quang Minh II với diện tích 266 ha cũng đã thu hút 48 dự án với tổng vốn đầu tư 2.215 tỷ đồng và gần 35 triệu USD. Riêng KCN Kim Hoa có diện tích 16 ha dù đã được phê duyệt, nhưng đến nay chưa tiến hành giải phóng mặt bằng.
Trong 47 dự án phát triển đô thị và nhà ở với tổng diện tích 1.650 ha, công tác GPMB cũng không khả quan hơn khi có hơn 30 dự án vẫn đang trong giai đoạn triển khai hoặc bồi thường GPMB. Tiến độ GPMB trên địa bàn huyện chậm còn có nguyên nhân do việc "trả nợ" đất dịch vụ cho các hộ dân đã bị thu hồi đất phục vụ các dự án hiện gặp nhiều khó khăn, còn thiếu khoảng 20 ha, chủ yếu tập trung ở địa bàn sáu xã và thị trấn. Một số doanh nghiệp thuê đất trong KCN Quang Minh không nộp tiền thuê đất. Tính đến 30-4-2015, đã có 31 doanh nghiệp nợ 780 triệu đồng tiền thuế sử dụng đất phi nông nghiệp.
Điều khiến nhà đầu tư và người dân lo lắng hiện nay là tình trạng ô nhiễm môi trường, nhất là về khí thải, nước thải tại các KCN đang có nguy cơ gia tăng. Tại KCN Quang Minh I, dù đã xây dựng nhà máy xử lý nước thải, chất thải, nhưng do chưa hoàn thiện hệ thống xử lý, cho nên đã gây ra tình trạng ô nhiễm môi trường, nước sinh hoạt của khu dân cư lân cận. Hơn nữa, việc Công ty TNHH Đầu tư xây dựng và Phát triển hạ tầng Nam Đức ( đơn vị quản lý KCN Quang Minh I) không giữ lời hứa bảo đảm hạ tầng cơ sở, mà buộc các chủ đầu tư phải trả phí dịch vụ cao khi sử dụng hệ thống xử lý nước thải, chất thải khiến nhiều doanh nghiệp xả nước thải trực tiếp đã làm môi trường thêm ô nhiễm.
Cải thiện môi trường
Hướng tới mục tiêu phát triển công nghiệp sạch và để bảo đảm công tác vệ sinh môi trường, huyện sẽ xây dựng hồ chứa nước thải trước khi đưa ra môi trường, hồ điều hòa để dự trữ nước cho KCN, phòng cháy chữa cháy...
Tháo gỡ khó khăn cho huyện Mê Linh trong việc triển khai xây dựng các “khu công nghiệp sạch”, ông Nguyễn Ngọc Tuấn- Phó Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội nhấn mạnh: huyện đẩy mạnh việc hoàn chỉnh quy hoạch phân khu, cụm công nghiệp, quy hoạch về sử dụng đất, tập trung tháo gỡ khó khăn về GPMB, sớm hoàn thiện các KCN theo đúng quy hoạch, trong đó ưu tiên phát triển công nghiệp xanh, sạch. Phó Chủ tịch thành phố yêu cầu UBND huyện và Ban Quản lý các KCN - khu chế xuất Hà Nội đôn đốc để các doanh nghiệp sản xuất tại KCN đấu nối ngay với hệ thống xử lý nước thải, chấm dứt tình trạng xả thải trực tiếp gây ô nhiễm môi trường.
Huyện cũng cần nhanh chóng đầu tư, hoàn thành cơ sở hạ tầng gắn với cải thiện môi trường để thu hút nhiều hơn nữa các nguồn lực đầu tư trong và ngoài nước.