Tính đến tháng 12/2014, chất lượng nước mặt tại các lưu vực sông chính còn tương đối tốt ở khu vực thượng nguồn, miền núi, vùng sâu, vùng xa. Ô nhiễm nước mặt tại các lưu vực sông xuất hiện chủ yếu ở các khu vực hạ lưu, nơi đi qua các đô thị lớn, khu vực có hoạt động sản xuất công nghiệp phát triển, làng nghề, khu vực khai thác khoáng sản.

Kết quả quan trắc trong thời gian qua cho thấy, chất lượng môi trường nước mặt tại các lưu vực sông chính đã có những cải thiện so với giai đoạn trước; nhiều dòng sông trong nội thành, nội thị, mức độ ô nhiễm tuy đã giảm, song vẫn là vấn đề đáng lo ngại. Nguyên nhân là do vẫn còn tình trạng một số  khu công nghiệp, nhà máy, khu đô thị xả trộm nước thải chưa qua xử lý hoặc xử lý chưa đạt yêu cầu về bảo vệ môi trường.

Lưu vực sông Hồng - Thái Bình và sông Đà, chất lượng nước nhìn chung còn khá tốt. Sông Hồng có lượng phù sa lớn nên hàm lượng chất rắn lơ lửng và sắt trong nước khá cao, đây là đặc trưng tự nhiên của sông. Môi trường nước khu vực đầu nguồn lưu vực sông phần lớn đều nằm trong ngưỡng A1 QCVN (nước có thể sử dụng cho mục đích sinh hoạt).

Tuy nhiên, tại các đoạn sông chảy qua các nhà máy, khu vực tập trung hoạt động sản xuất công nghiệp (đoạn chảy qua Phú Thọ, Vĩnh Phúc), môi trường nước đã có dấu hiệu bị ô nhiễm. Đoạn sông Hồng chảy qua Thủ đô Hà Nội, các thông số ô nhiễm thường xấp xỉ ngưỡng A1. Một vấn đề cũng cần tiếp tục được quan tâm theo dõi thường xuyên, đó là việc giám sát chất lượng môi trường nước sông Hồng khu vực đầu nguồn, vùng giáp ranh với Trung Quốc.

Chất lượng nước lưu vực sông Nhuệ - Đáy, Cầu và hệ thống sông Đồng Nai đã được cải thiện. Tuy nhiên, những đoạn sông chảy qua các đô thị và khu vực tập trung sản xuất vẫn tiếp tục bị ô nhiễm. Sông Nhuệ và sông Đáy đã bị ô nhiễm nặng ở những đoạn chảy qua Hà Đông (Hà Nội) và Phủ Lý (Hà Nam).

Cả nguồn nước mặt và nước ngầm ở nhiều khu vực đều đã có dấu hiệu ô nhiễm.

Sông Cầu đã bị ô nhiễm ở những đoạn chảy qua thành phố Thái Nguyên và hạ nguồn tại khu vực Bắc Ninh, Bắc Giang. Đặc biệt, sông Ngũ Huyện Khê hiện vẫn ô nhiễm nặng do tiếp nhận nước thải từ các làng nghề ở Bắc Ninh. Sông Sài Gòn, sông Đồng Nai, đoạn chảy qua thành phố Biên Hòa và thành phố Hồ Chí Minh đều bị ô nhiễm hữu cơ và ô nhiễm vi sinh ở những mức độ khác nhau.

Chất lượng nước tại lưu vực sông Mã, sông Hương, sông Vu Gia – Thu Bồn thuộc khu vực Bắc Trung Bộ còn tương đối tốt. Tuy nhiên, tại một số đoạn sông chảy qua các khu dân cư, khu sản xuất công nghiệp, môi trường nước đã có hiện tượng ô nhiễm cục bộ. Đối với các lưu vực sông sông Trà Bồng, Trà Khúc, sông Kôn, thuộc vùng Nam Trung Bộ, đã xuất hiện ô nhiễm hữu cơ, mức độ ô nhiễm cũng tăng cao hơn vào các tháng mùa khô.

Lưu vực sông thuộc khu vực đồng bằng sông Cửu Long được cho biết chất lượng nước nhìn chung còn tương đối tốt. Ô nhiễm chỉ diễn ra tại một số khu vực cá biệt, tập trung ở khu vực gần các trung tâm đô thị, vùng canh tác nông nghiệp, nuôi trồng thủy sản dày đặc như ở đầu nguồn sông Tiền. Kết quả giám sát chất lượng môi trường cho thấy, mức độ ô nhiễm có xu hướng giảm dần vào những năm gần đây.

Tuy nhiên, xâm nhập mặn là vấn đề nổi cộm do chịu ảnh hưởng mạnh bởi chế độ thủy triều tại biển Đông và vịnh Thái Lan. Ranh giới mặn tại nhiều khu vực cho thấy xu thế xâm nhập mặn gia tăng nhưng không đồng đều theo các đoạn bờ khác nhau. Trong các năm gần đây, độ mặn trên sông Hậu có xu thế gia tăng. Ngoài ra, độ đục cũng ở mức khá cao nguyên nhân là do các sông ở khu vực này có hàm lượng phù sa cao.

Ô nhiễm nước mặt tại các ao, hồ, kênh, rạch trong nội thành, nội thị chưa có nhiều chuyển biến tích cực, đặc biệt tại một số đô thị lớn. Phần lớn thông số ô nhiễm hữu cơ đều vượt giới hạn tối đa cho phép đối với nguồn nước loại B (nước sử dụng cho mục đích tưới tiêu và các mục đích tương đương khác). Nguyên nhân chủ yếu là do các khu vực này phải tiếp nhận một lượng lớn nước thải sinh hoạt đô thị chưa được xử lý hoặc xử lý chưa đạt yêu cầu về bảo vệ môi trường.

Chất lượng nước biển ven bờ của nước ta nhìn chung vẫn còn tốt. Tuy nhiên, tại một số nơi đã bắt đầu có dấu hiệu bị ô nhiễm do áp lực của sự gia tăng dân số, phát triển đô thị, công nghiệp, du lịch vùng ven biển và hoạt động hàng hải, khai thác nuôi trồng hải sản. Tại một số vùng biển có hoạt động khai thác du lịch, bãi tắm, nồng độ BOD5 và hàm lượng các chất ô nhiễm dinh dưỡng đặc trưng đã ở ngưỡng xấp xỉ quy chuẩn cho phép, một số nơi đã có hiện tượng vượt quy chuẩn.

Tại các khu vực cảng biển hoặc nơi tập trung nhiều phương tiện giao thông thủy đã có dấu hiệu bị ô nhiễm dầu mỡ. Về nước ngầm, báo cáo cho biết, phần lớn vẫn có chất lượng tốt, song cũng đang có xu hướng bị suy giảm và ô nhiễm cục bộ ở một số nơi do nhu cầu khai thác, sử dụng nguồn nước gia tăng, thẩm thấu và rò rỉ nước mặt đã bị ô nhiễm, thay đổi mục đích sử dụng đất và khai thác nước chưa hợp lý.